仏壇の中に入りきらない古い位牌を、仏壇の上に置いてもいいですか？

本来、お仏壇はご本尊をお祀りするところですので、上に物は置きません。

仏具店などで繰り出し位牌を求めてまとめるか、先祖代々のお位牌を作り、それぞれのご戒名等は過去帳に書いてはいかがでしょうか。
古い位牌はお寺様に性根抜きをしていただきます。

・繰り出し位牌
屋根や扉のついた位牌の枠の中に、戒名・法名を記した板位牌を何枚か納めることが出来ます。
いくつもの位牌を並べられないときに便利です。

・過去帳
故人の戒名、俗名、死亡年月日などを書いておく帳簿です。